-čitaj redom, jer da bi disk bio bootabilan, tj to je boot sektor-boot loader.. mora biti primarna/aktivna particija (samo takava može biti bootabilna).. itd. BIOS ne zna dali je disk bootabilan (zato je bolji quick menu, neka Ftipka.. npr F8-9-...) on samo pokazuje disk, koji tad mora imati MBR (ili GPT..) koji pokazuje primarnu aktivnu particiju iz kojeg krene loader. Bez tog disk nije bootabilan.
npr pošto koristiš externi/USB HDD, za predpostaviti je da on nema MBR tj formatiran je kao storage disk, tad bez obzira na bios/fat.. ne boota. (ali navodiš da si kroz cmd nešto napravio.. pa možda nije to..).