Mozes koristiti Back in Time - http://www.linuxzasve.com/backup-na-linuxu-koristeci-back-in-time , za povratiti sustav u prijasnje stanje, ali to nema potrebe na GNU/Linuxu, a dobar način ti je kloniranje particija ili samo diska pomoću clonezille - http://clonezilla.org/
EDIT:
E da mozes stavit rsync u cron.
http://linux.die.net/man/1/rsync