Ako za GUI koristiš paket tkinter jedan način je da napraviš funkciju koja prima redak i stupac pa označuje sve Checkbutton-e u istom retku i istom stupcu. Problem što Checkbutton-ov parametar command prima samo funkcije bez parametara možeš riješiti pomoću functools.partial:
from functools import partial
def oznaci(redak, stupac):
...
for redak in range(n):
for stupac in range(n):
Checkbutton(..., command=partial(oznaci, redak, stupac))
Ako moze da mi napises ovu funkciju "def oznaci(redak,stupac):..."