Neintuitivnost tuneliranja ovisi o interpretaciji. Ako, na primjer, energiju čestice shvatimo kao fiksnu (apsolutno konstantnu) veličinu a ona je manja od barijere onda je stvar neintuitivna. No ako energiju čestice shvatimo kao statistički srednju vrijednost jasno da postoji mogućnost da u jednom trenutku ta energija postane dovoljno velika da se preskoči barijera. No takva fluktuacija energije zapravo nije uzrok kvantnog tuneliranja. Ovdje tuneliranje omogućuje valni oblik čestice, što opet ne mora biti neintuitivno kad znamo da valovi (zvučni, elektro-magnetski) i inače mogu prolaziti kroz barijere.
Konkretno, kod Josephsonovog efekta postoje dvije stvari koje kontroliraju struju (probojnost barijere). Jedno je električni potencijal barijere (što je veći taj potencijal manja je vjerojatnost proboja, dakle veći potencijal = jača barijera = manja struja), a drugo je fazna razlika između valova supravodiča s jedne i druge strane. Tu faznu razliku možemo shvatiti kao tlak koji tjera struju preko barijere a on je ovdje najveći kad je fazna razlika 90°.
